これは、Rの HTML vignette です。 ファイルの拡張子は*.Rhtmlで、このファイルがknitrでコンパイルされる必要があることをRに伝えるために、特別なコメントを含める必要があります。:

<!--
%\VignetteEngine{knitr::knitr}
%\VignetteIndexEntry{The Title of Your Vignette}
-->

これでRのコード chunk が書けるようになりました:

summary(cars)

##      speed           dist       
##  Min.   : 4.0   Min.   :  2.00  
##  1st Qu.:12.0   1st Qu.: 26.00  
##  Median :15.0   Median : 36.00  
##  Mean   :15.4   Mean   : 42.98  
##  3rd Qu.:19.0   3rd Qu.: 56.00  
##  Max.   :25.0   Max.   :120.00

fit=lm(dist~speed, data=cars)
summary(fit)

## 
## Call:
## lm(formula = dist ~ speed, data = cars)
## 
## Residuals:
##     Min      1Q  Median      3Q     Max 
## -29.069  -9.525  -2.272   9.215  43.201 
## 
## Coefficients:
##             Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)    
## (Intercept) -17.5791     6.7584  -2.601   0.0123 *  
## speed         3.9324     0.4155   9.464 1.49e-12 ***
## ---
## Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
## 
## Residual standard error: 15.38 on 48 degrees of freedom
## Multiple R-squared:  0.6511,	Adjusted R-squared:  0.6438 
## F-statistic: 89.57 on 1 and 48 DF,  p-value: 1.49e-12

また、プロットを埋め込むこともできます。例えば:

par(mar=c(4,4,.1,.1))
plot(cars, pch=19)
plot of chunk cars-plot

パッケージ vignette では、vignette をコンパイルした後に画像ファイルが不要になるように 、knitr::image_uri() 関数を使って画像をbase64文字列にエンコードする必要があります。 例えば、vignette の最初に次のような chunk を追加することができます。:

library(knitr)
# to base64 encode images
opts_knit$set(upload.fun = image_uri)