R Markdownを使うのが初めての方は、すぐにドキュメントページを読むのではなく、体系的な概要を知ることから始めることをお勧めします。 手始めに最適なのは、Hadley Wickham と Garrett Grolemund が執筆した O’Reilly 社の書籍「R for Data Science」(略してR4DS)の “Communication” section です。
(訳注: 日本語版は「Rではじめるデータサイエンス」)
以下は、Hadley と Garrett がまとめた R Markdown を扱った章です。
R Markdown は、文章、コード、結果を統合するためのツールです。 R Markdown は、分析者から分析者への通信はノートブックモードで、 分析者から意思決定者への通信にはレポートモードで使用できます。 R Markdownの強力なフォーマットのおかげで、同じドキュメントを両方の目的で使用することもできます。
R Markdown formats では、R Markdownを使って作成できる他の多くの種類の出力について少し学びます。 ダッシュボード、ウェブサイト、書籍など、R Markdownを使用して作成できる他のさまざまな出力について少し学びます。
最後に、R Markdown workflowでは、「分析ノート」とそのシステムについて学びます。
R Markdown website では、R Markdownで可能なことを確認するための一連のチュートリアルを提供しています。
これらのチュートリアルには、ブラウザですぐに使用できる RStudio Cloud のレッスンが付随しています。
また、このページの上部にある “Get Started” のセクションでは、これらすべてのチュートリアルへのリンクにアクセスできます。
rmarkdown パッケージの著者によって書かれた R Markdown: The Definitive Guide は、ドキュメントを書くための完全な R Markdown エコシステムの包括的なユーザーガイドです。 この本はChapman & Hall/CRCから出版されており、無料でオンラインで読むことができます。
本書は4つのパートで構成されています。
Part I では、関連パッケージのインストール方法を紹介し、可能な出力形式、Markdown構文、Rコードチャンク構文、R Markdownで他の言語を使用する方法など、R Markdownの概要を説明しています。
Part II は、ドキュメント形式やプレゼンテーション形式など、rmarkdownパッケージに組み込まれた出力形式の詳細なドキュメントです。 これらの出力形式は、それらを使用するために rmarkdown 以外の他のRパッケージを必要としないため、「ビルトイン」となっています。
Part III では、異なるアプリケーションを構築したり、異なるスタイルの出力ドキュメントを生成したりすることを可能にする、いくつかの R Markdown 拡張パッケージについて説明しています。 これらの出力フォーマットは、それらを使用するために rmarkdown に加えて追加のRパッケージをインストールする必要があるため、「拡張」となっています。
Part IV では、R Markdownに関する高度なトピックを扱っています。
R Markdown cheatsheet は、作業中にクイックリファレンスとしてダウンロードできる1ページ(両面)のリファレンスガイドです。
R Markdown Reference は5ページのガイドで、R Markdownドキュメントをカスタマイズするために使用できるmarkdown、knitr、pandocの各オプションのリストです。
この二つのファイルは、RStudio IDEからアクセスできます。
R Markdown Cheat Sheet: Help > Cheatsheets > R Markdown Cheat Sheet,
R Markdown Reference Guide: Help > Cheatsheets > R Markdown Reference Guide.